امام خمینی(ره) کادرسازی برای نهضت اسلامی را بهطور جدی از ابتدای سال 1340 آغاز کردند. در 10 فروردین 1340 آیتالله سیدمحمدحسین بروجردی رحلت کرد و پس از آن تلگرام تسلیت محمدرضا پهلوی به آیتالله سیدمحسن حکیم (در نجف) نشان دهنده سعی شاه در خروج مرجعیت شیعه از ایران بود.
امام خمینی(ره) در 21 فروردین 1343 در جمع علما و روحانیون و مردم شیراز از ایجاد اختلاف در بین علما و ملت اظهار نگرانی کردند و از علمای شیراز خواستند تا طلاب را آماده کرده و مردم را متحد کنند. متن سخنان ایشان چنین است:
باید در پناه قضیه بزرگ عاشورا، مصیبت جانسوز دوازده محرم و 15 خرداد زنده و جاوید بماند. این سند بزرگ را در قبال ادعاهای پوچ دستگاه جبار که «ملت با ماست» نباید فراموش کرد. مسلمان نمی تواند موافق و معاون دستگاه ظلم و ستم باشد.
امام خمینی(ره) 25 فروردین 1343 درباره اوضاع مبهم سیاسی جهان و منطقه گفتند: «فعلا تنها هدف من ایجاد اتحاد بین تمام طبقات روحانیون است تا بتوانم تصمیم جدیتری بگیرم.» متن سخنان ایشان چنین است:
امام خمینی(ره) 28 اردیبهشت 1342 از روحانیون، وعاظ و ملت مسلمان ایران دعوت کردند تا خطر اسرائیل و عمال آن را به مردم تذکر دهند و سکوت در برابر آن را تایید حکومت پهلوی و کمک به دشمنان اسلام دانستند. متن پیام ایشان چنین است:
پانزده خرداد که ما مردان با اراده ای را از دست دادیم و جوانانی از دست ملت ما رفت، نقطه عطفی در تاریخ و مبدا این نهضت است . آنها که در پانزده خرداد قیام کردند، قیام مردانه کردند و در مقابل دژخیمان نه گفتند و به شهادت رسیدند، آنها مبدا این نهضت عظیم شدند .
امام خمینی(ره) در آذرماه سال 1341 در پاسخ تلگراف سران ایلات و عشایر پاپی به مناسبت حمایت آنها از ایشان و علما در غائله انجمنهای ایالتی و ولایتی نوشتند: